Herramientas para desarrollar prototipos web
Entorno de trabajo de Axure
Este tipo de herramientas son utilizadas en consultoría para la realización de prototipos comprensibles para que los desarrolladores puedan llevar a cabo su trabajo.
Permiten entre otras cosas realizar mapas de sitio totalmente navegables, posicionar objetos gráficos y botoneras en el prototipo, colocar controles y establecer opciones para lo mismo e incluso compilar el sitio web para poder visualizarlo en un navegador para la realización de tests de usabilidad y demostraciones de uso del nuevo interfaz.
Video de Protoshare.
La mayoría de estas aplicaciones son de pago.
Otra posibilidad al empleo de aplicaciones……. papel y lápiz. Probablemente se tarde menos tiempo ya que no deberás aprender a manejar estas herramientas. 
Enlaces de interés:
Axure | iPlotz | Justinmind | Protoshare | Justinmind | Balsamiq | gliffy (diagramador opensource)| Smartdraw | Jumpchart | Pencil | iRise (para construir software) | Mokingbird (online) | Protonotes (permite añadir notas a un prototipo) | Omnigraffle (diagramador para Mac)
Ademas de ayudar a los desarrolladores, herramienta de hi-fi wireframing como Justinmind permiten hacer prototipos tan cerca del producto final que hasta testos de usabilidad se pueden llevar a cabo. También permiten sacar y validar documentos de especificaciones técnicos o controlar flujos de navegación.
!Gracias para su mención de ProtoShare! Perdóname, pero mi español ha atrofiado.
Knowing how to design a website or web application interface based on client and user requirements is becoming more important as companies use the Internet as a primary means of communication, commerce, and brand building. Interfaces should be clear, concise, and easy to use. By wireframing and even prototyping an interface teams can work through any pitfalls in the design and functionality to provide a better final product.
ProtoShare allows teams to work together (even remotely) to review and interact with prototypes allowing different layouts per page, custom components provided by HTML and CSS, pulling in i-frames of old sites or references for inspiration, export to Word docs for the programmers, and even export to HTML to test interactions with end users.
As you mention, there are many tools available, so finding the one that best suits your needs, as well as the project’s needs, is key to successful implementation of the application into your process.
Cheers,
andrea @ ProtoShare